המפעלים המוגנים מאופיינים ביצירתיות וחדשנות ובמוצרים מובילים בשוק. התעסוקה נעשית לרוב במפעלי יצור, או באמצעות קבלני משנה ונעה בין עבודת כפיים פשוטה (כגון אריזה) לבין עשייה הדורשות מיומנות ומקצועיות גבוהה (למשל עבודות אומנות, אלקטרוניקה ועיצוב).
בכל מפעל מוגן מועסקים 30-100 משתקמים אשר מקבלים "דמי שיקום" לפי התפוקות שלהם בפועל. העבודה במפעל מאפשרת מדרג וקידום פנימי.
במפעל יש מנהל שיקומי (שהוא עובד מקצועי בתחום שיקום בבריאות הנפש כגון: עו"ס, פסיכולוג או מרפא בעיסוק) אשר מלווה את המשתקמים מתהליך הקליטה במפעל, בשלבי העבודה השונים ומסייע להם בהתקדמות ובפיתוח קריירה.
הצוות המקצועי המלווה פועל למעורבות מירבית של העובדים בתהליך העבודה וקבלת ההחלטות במפעל. בדגש על הקניית הרגלי עבודה.
משרד הבריאות מממן את המפעלים המוגנים והגורמים המבצעים הם חברות או עמותות (במכרזים או הסכם אחיד). המשרד מפקח שהנעשה בתחומי המפעל הינו על-פי החוק והנהלים שקבע המשרד (יצויין כי קיימים מפעלים רב-נכותיים, אליהם מגיעים גם נפגעי נפש. מפעלים אלה פועלים בהתאם לסטנדרטים של משרד הרווחה ומפוקחים על-ידו).
* המידע מתוך אתר משרד הבריאות - תחומי סל שיקום, תעסוקה.
* לפירוט התנאים וההגבלות ראה ערך בריאות הנפש - סל שיקום.